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1. 適当なオブジェクトについてるスクリプトをInspectorから無効化します。
2. スクリプト内の Start() とかその他のメソッドが走らないことを確認します。
3. 無効化したスクリプトに向けてSendMessageします
4. SendMessageで指定したメソッドが走ります
5. 楽しい！✌('ω'✌ )三✌('ω')✌三( ✌'ω')✌
MMD for UnityのIKスクリプトのパフォーマンス計測もどきをしてたらめっちゃアラート出てきました。
ルートオブジェクトについたMMDEngineからSendMessageしてCCDIKSolver.Solveを呼び出していまるので上記に該当してたわけですね。
無効化したスクリプトに対しても何事もなくSendMessageを呼べてしまうの、んっ！？ となったけどいいんでしょうかね
ともかく、髪IKがどうこうみたいな問題もありますので、一旦これでコミットしま(す|した)
（CCDIKSolver.Solveの先頭に if(!this.enabled) return; が増えただけですが）
追記
3.5のときはこの問題(?)はなかったような気がしますけど、多分気のせいですね。
その内確認するかもですが、別にやったからといって、うぅん・・・